관세청조사 | 수정수입세금계산서 미발급, 기업이 반드시 알아야 할 리스크

문제는 모든 경우에 수정수입세금계산서가 발급되는 것이 아니라는 점입니다.

「부가가치세법」은 관세포탈, 부정신고, 중대한 과실등이 있는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급하지 않도록 명시하고 있습니다.

▶부가가치세법에 따른 수정수입세금계산서 미발급 기준

수정수입세금계산서가 발급되지 않는 경우 수입자는 다음과 같은 리스크를 부담하게 됩니다.

• 추가 납부한 부가가치세에 대해 매입세액 공제 불가
• 수억 원 단위의 세금 비용의 손실 처리
• 관세조사 이후 연속적인 세무 리스크 확대
• 내부 회계·세무 감사 시 중대한 지적 사항 발생

그럼에도 불구하고 그동안은 “어디까지가 미발급 사유인지”에 대한 해석이 불명확해 납세자와 세관 간 분쟁이 빈번했습니다.

기존의 추상적인 기준에서 벗어나 아래 사유를 구체적인 판단 기준과 예시로 명확히 규정했습니다.

특히 이번 지침에서 가장 실무 영향이 큰 부분은 가격신고(과세자료)의 중대한 하자에 대한 명확한 정의입니다.

아래와 같은 경우는 착오가 아닌 ‘미발급 사유’로 명시되었습니다.

이번 지침은 제재 강화에만 그치지 않고 처분검토회의 상정, 납세자보호담당관을 통한 권리보호 요청, 불복·소송 결과에 따른 사후 발급 의무 등 수입자의 방어권과 절차적 권리도 함께 정비했습니다.

세관장이 특수관계에 있는 수입자에게 자료를 제출할 것을 요구하였으나 제출 받은 자료에서 거짓이 확인되거나, 제출 요구기한 내에 제출하지 않는 경우 세관장은 수정수입세금계산서를 발급하지 않을 수 있습니다.

관세청조사 시 특수관계 자료 제출 요구 서류는 다음과 같습니다.

관세조사 등의 과정에서 수입자가 이미 통지 받은 오류를 다음 수입신고 시에도 반복하여 부족 세액이 발생한 경우 수정수입세금계산서를 발급하지 않을 수 있습니다.

▶오류유형 구분

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